gmt6.1_src.html

GMT6.1.0 for RedHat Enterprise 7

Last update: 2020.8.6

GMT Home

管理者権限がないPC（共同利用の計算機）でsudo, yumが使えない場合にGMT6と関連するツールをsrcかanacondaからインストールした場合のメモです。
また、GMTのバージョンが6.0.0から6.1.0にアップデートされていたので 6.1 をインストールしました。

netcdfのインストール先　/home/user
GMTのインストール先　/home/user/gmt

準備（GMTに必要なツールのインストール）

★CMake
https://cmake.org/
cmake-3.18.1.tar.gz

$ ./bootstrap --prefix=/home/user
$ make
$ make install

~/.bashrc　に以下を追加
export PATH=/home/user/bin:$PATH

★curl
https://curl.haxx.se/download/
curl-7.71.1.tar.gz

$ tar xvfz curl-7.71.1.tar.gz
$ cd curl-7.71.1
$ ./configure --prefix=/home/user
$ make
$ make install

~/.bashrc　に以下を追加
export LD_LIBRARY_PATH=/home/user/lib:$LD_LIBRARY_PATH

★Anaconda3
https://docs.continuum.io/anaconda/install/linux/
Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

$ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

基本"Yes"で回答する
それ以外には　PREFIX=/home/user/anaconda3 とする

★HDF5
https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/
hdf5-1.18.21.tar.gz

$ tar xvfz hdf5-1.18.21.tar.gz
$ cd hdf5-1.18.21
$ ./configure --prefix=/home/user
$ make
$ make install

★zlib
https://zlib.net/
zlib-1.2.11.tar.gz

$ tar xvfz zlib-1.2.11.tar.gz
$ cd zlib-1.2.11
$ ./configure --prefix=/home/user
$ make
$ make install

★NetCDF
https://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/
netcdf-c-4.7.4.tar.gz

$ tar xvfz netcdf-c-4.7.4.tar.gz
$ cd netcdf-c-4.7.4
$ CPPFLAGS=-I/home/user/anaconda3/include LDFLAGS=-L/home/user/anaconda3/lib ./configure --prefix=/home/user
$ make check install

実行ファイルは　/home/user/bin/　にインストールされる．
ライブラリは　/home/user/lib/　にインストールされる．
includeファイルは　/home/user/include/　にインストールされる．

~/.bashrc　に以下を追加
export NETCDFHOME=/home/user
export LD_LIBRARY_PATH=/home/user/lib:$LD_LIBRARY_PATH

★Ghostscript
https://www.ghostscript.com/
ghostscript-9.50-linux-x86_64.tgz

$ tar xvfz ghostscript-9.50-linux-x86_64.tgz
$ cd ghostscript-9.50-linux-x86_64
$ cp gs-950-linux-x86_64 /home/user/bin/gs
$ cp gs-950-linux-x86_64 /home/user/bin/ghostscript

★GDAL
https://gdal.org/download.html#current-releases

conda を利用してインストール

$ conda install anaconda
$ conda update --all
$ conda install -c conda-forge gdal

★PCRE2
https://www.pcre.org/
pcre2-10.35.tar.gz

$ tar xvfz pcre2-10.35.tar.gz
$ cd pcre2-10.35
$ ./configure --prefix=/home/user
$ make
$ make install

★FFTW
http://www.fftw.org/download.html
fftw-3.3.8.tar.gz

$ tar xvfz fftw-3.3.8.tar.gz
$ cd fftw-3.3.8
$ ./configure --prefix=/home/user
$ make
$ make install

★LAPACK, BLAS
http://www.netlib.org/lapack/
lapack-3.9.0.tar.gz

$ tar xvfz lapack-3.9.0.tar.gz
$ cd lapack-3.9.0
$ cp make.inc.example make.inc
$ make blaslib
$ make cblaslib
$ make lapacklib
$ make lapackelib
$ make tmglib
$ cp lib*.a /home/user/lib
$ cp */include/*.h /home/user/include

★glib2
未作業

★GMT 6.1.0 のインストール

GMT4用の作図スクリプトをGMT6でもそのまま使いたいので、ソースからインストールする。

1. Download
Mirror Siteから
gmt-6.1.0.tar.gz
gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz
dcw-gmt-1.1.4.tar.gz
をダウンロードする

2. tar

$ tar xvfz gmt-6.1.0.tar.gz
$ tar xvfz gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz
$ tar xvfz dcw-gmt-1.1.4.tar.gz

3. cmake用のファイルの編集

$ cd gmt-6.1.0/cmake
$ cp ConfigUserAdvancedTemplate.cmake ConfigUser.cmake
$ vi ConfigUser.cmake

editorで以下の行を追加する（それぞれの設定の箇所でコメントをはずすのとPATHを記述する作業）
PATHは以下の場所とした場合の例
GMTのソースの展開先　/home/user/src/GMT
GMTをInstallするPATH　/home/user/gmt


set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/home/user/gmt")
set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS TRUE)
set (GSHHG_ROOT "/home/user/src/GMT/gshhg-gmt-2.3.7")
set (COPY_GSHHG TRUE)
set (DCW_ROOT "/home/user/src/GMT/dcw-gmt-1.1.4")
set (COPY_DCW TRUE)

set (GMT_EXCLUDE_PCRE TRUE)

set (GMT_DATA_SERVER "http://www.scc.u-tokai.ac.jp/gmt/")
set (GDAL_ROOT "/home/user/anaconda3")
set (PCRE2_ROOT "/home/user")
set (FFTW3_ROOT "/home/user")
set (ZLIB_ROOT "/home/user")
set (CURL_ROOT "/home/user")

4. cmake

$ cd ..
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ..
$ cmake --build .
$ cmake --build . --target install

5. シェル環境の設定
~/.bashrc にPATHを追加する

export PATH=$PATH:/home/user/gmt/bin